Wpływ zmiany w CHI3L1 na poziom surowicy YKL-40, ryzyko astmy i funkcja płuc ad 5

Wartości P dla wszystkich badanych SNP obliczonych z wykorzystaniem ogólnego modelu dwóch alleli można uzyskać z bazy danych National Institutes of Health Genotype and Phenotype, dbGaP (www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi. db = gap). W celu dalszej oceny specyficznego udziału locus CHI3L1 w wariancji w poziomach YKL-40, w Huterytach genotypowano pięć dodatkowych SNP; umiejscowienie tych SNP i strukturę sprzężono-pozbawioną równowagi genu w tej populacji pokazano na Figurze 1. Trzy SNP na chipie Affymetrix (rs4950929, rs946263 i rs2153101) są w doskonałej równowadze sprzężeń z funkcjonalnym promotorem SNP -131C . G (rs4950928) (r2 = 1,0) (rysunek 1B i rysunek S3 w dodatkowym dodatku). Tabela 2. Tabela 2. Wyniki badań asocjacyjnych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) w genie CHI3L1 i jego regionie upstream na chromosomie 1q32.1 wśród huterytów. Rysunek 2. Rycina 2. Poziomy surowicy w YKL-40, częstość występowania astmy i czynności płuc w huteitach, według -131C . G Genotyp (rs4950928). Wszystkie pomiary różniły się istotnie pomiędzy trzema genotypami. Panel A pokazuje średnie poziomy YKL-40 w surowicy naturalnie logowanej (P = 1,1 x 10-13 w ogólnym modelu allelowego). Panel B pokazuje częstość występowania astmy wśród 554 huterytów (p = 0,047 w teście quasi-wiarygodności kontroli przypadku). Panel C pokazuje średni procent przewidywanej wymuszonej objętości wydechowej w ciągu sekundy (FEV1) (P = 0,046 według ogólnego modelu dwóch alleli). Panel D pokazuje średni stosunek FEV1 do wymuszonej pojemności życiowej (FVC) (P = 0,002 przez ogólny model allelowy).
Te cztery SNP wykazywały najsilniejsze powiązanie z poziomami YKL-40 w surowicy wszystkich SNP badanych w Huterytach (P.1,3 × 10-12 dla wszystkich czterech porównań) (Tabela 2) i pozostały statystycznie istotne po korekcie dla liczby SNPs obecne na chipie Affymetrix (patrz dodatek dodatkowy). Żaden z 10 SNP (tabela 2) nie wykazywał istotnego wpływu na płeć na poziomy YKL-40 w surowicy. Niesynonimiczny SNP w eksonie 5 (Arg145 . Gly) nie był znacząco związany z poziomami YKL-40 (P = 0,67) ani żadną inną cechą fenotypową (Tabela 2). Głównym (najczęściej występującym) allelem w każdym z powiązanych SNP w CHI3L1 jest allel przodków, zgodnie z sekwencją genu ortologicznego u szympansa. -131C . G SNP rs4950928 odpowiada za 9,4% wariancji poziomów YKL-40 w Huterytach, przy czym mniejszy allel G ma addytywny (negatywny) wpływ na poziomy YKL-40 (Figura 2A).
W grupie heuteytów częstość alleli rs4950928 C wynosiła 0,84 u osób z astmą, 0,83 u osób z nadreaktywnością oskrzeli i 0,79 u osób z grupy kontrolnej; allel był istotnie związany z fenotypem astmy (P = 0,047 w teście quasi-wiarygodności w teście kontrolnym) i fenotypem nadreaktywności oskrzeli (P = 0,002 w teście quasi-wiarygodności kontroli przypadku) (Tabela 2 i Figura 2B). Ten SNP nie był istotnie związany z atopią (P = 0,20 w teście quasi-wiarygodności kontroli przypadku) lub całkowitym poziomem IgE w surowicy (P = 0,37 według ogólnego modelu allelowego). Allel rs4950928 C był również znaczącym predyktorem obniżonej FEV1 (P = 0,046 według ogólnego modelu allelowego), zmniejszonej FEV1: FVC (P = 0,002 przez ogólny model allelowy) i zmniejszonej FEF25-75 (P = 0,03 według ogólnego modelu allelowego) w Huterytach (Tabela 2 i Figura 2C i 2D).
Badania replikacyjne w kohorcie COAST
Rysunek 3
[hasła pokrewne: pracownia emg, leczenie łysienia, leczenie niepłodności ]