Wpływ zmiany w CHI3L1 na poziom surowicy YKL-40, ryzyko astmy i funkcja płuc czesc 4

Dodatkowe pięć SNP w regionie powyżej 15 kb (w tym jeden znacznik SNP) genotypowano w próbkach z Huterytów, z zastosowaniem macierzy Affymetrix GeneChip Mapping 500K Array; genotypy określono za pomocą algorytmu BRLMM.19 Uwzględniono niektóre nadmiarowe SNP, ponieważ były obecne w chipie Affymetrix. 10 SNP zostało z powodzeniem genotypowanych u ponad 95% badanych osób, w stanie równowagi Hardy ego-Weinberga (P> 0,20), a u Huterytów nie miało błędów mendlowych (patrz Dodatek dodatkowy). Częstości alleli i obliczenia Hardy ego-Weinberga dla Huterian zostały skorygowane o spokrewnienie 20, 21 Wyniki
CHI3L1, YKL-40 i Astma Phenotypy w Huterytach
Stężenia YKL-40 w surowicy znacznie wzrosły wraz ze wzrostem wieku w Huterytach (r Pearsona r = 0,21, P <0,001), ale nie różnił się on u mężczyzn i kobiet (t = 0,52, P = 0,61). Średnie poziomy YKL-40 wzrosły wśród huterytów z astmą (102,7 ng na mililitr) lub nadreaktywnością oskrzeli (96,5 ng na mililitr), w porównaniu z kontrolami (87,2 ng na mililitr) (P = 0,005 i P = 0,002, odpowiednio), ale tak jak w poprzednim badaniu7, poziomy nie różniły się między osobnikami z atopią (99,4 ng na mililitr) a tymi bez atopii (85,1 ng na mililitr) (P = 0,68). Wśród huterytów poziomy YKL-40 w surowicy były istotnie odwrotnie skorelowane z FEV1 (P = 0,02), ale nie z wymuszoną siłą życiową (FVC) (P = 0,16), współczynnikiem FEV1: FVC (P = 0,98) lub wymuszonym przepływem wydechowym od 25% do 75% wartości FVC (FEF25-75) (P = 0,41).
Aby ocenić względny udział genów w wariancji poziomów YKL-40 wśród badanych, najpierw oszacowaliśmy odziedziczalność poziomu YKL-40. Wąska odziedziczalność (h2) tej cechy w Huterytach (. SE) wynosi 0,51 . 0,10, a szeroka odziedziczalność (H2) wynosi 1,0 . 0,16. Wysoki szacunek dla szerokiej odziedziczalności wskazuje, że różnice w poziomach YKL-40 w surowicy u poszczególnych huterytów są prawie całkowicie spowodowane różnicami genetycznymi między poszczególnymi osobami. Stosunkowo duża szeroka odziedziczalność wskazuje na obecność autosomalnych loci o istotnym niepadycyjnym (np. Dominującym) wpływie na poziomy YKL-40.
Rysunek 1. Rycina 1. Polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) w CHI3L1 i jego regionie upstream na chromosomie 1q32.1. Część A pokazuje strukturę genu CHI3L1. Eksy kodujące są oznaczone czarnymi prostokątami, a nieprzetłumaczone regiony są pokazane jako szare prostokąty; strzałka wskazuje kierunek transkrypcji. Gen rozciąga się od 201 414 557 pz do 201 424 504 pz. Część B przedstawia nierównowagę sprzężeń (r2) między SNP w próbkach HAPMap CEPH (osób o europejskim pochodzeniu zebranych przez Centre d Etude du Polymorphisme Humain) z 201 416 807 pz do 201 436 499 pz (Haploview). SNP wpisane w Huterytach i SNP wpisane w przypadek i populacje kontrolne (-131C . G) są wskazane przez czarne prostokąty. SNP w wykresie sprzężeniowo-nierównowagowym są równomiernie rozmieszczone w całym regionie (a zatem nie w skali fizycznej). Wzorzec sprzężenia i nierównowagi w Hutterites i w europejskiej próbce CEPH pokazano na rysunku S3 w Dodatku uzupełniającym.
Najbardziej znaczące asocjacje w badaniu powiązań genomewidu stwierdzono między poziomem YKL-40 a SNP powyżej genu kodującego YKL-40, CHI3L1 (rysunek S1 i S2 w dodatkowym dodatku)
[podobne: rodzaje lekarzy, trigeminia, szmery oddechowe ]